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肠道是人体进行消化食物与吸收营养的地方，关系着我们营养状态的好坏及废物能不能有效的排除。除此之外，肠道也是最大的免疫器官，会分泌大量的发炎物质，直接影响免疫系统。
肠道的健康，系于肠道中维持菌丛生态平衡的平衡，而其关键就在于对人体有益的菌属(即我们所说的益生菌)数量是否足够。
现在许多人已经知道用益生菌来促进肠道健康，减少腹泻或便秘，而对于益生菌与气喘、过敏及各种免疫疾病之间的关联性，也有了更多的了解。但是益生菌的功效远不止于此。以下是近年与益生菌相关的医学研究，让我们对这些非常微小的生物，在人体健康上所扮演的角色，有着一番新的体认。
一、代谢症候群与糖尿病
无论在动物实验或是人体的临床研究都发现，益生菌可以改善胰岛素阻抗的现象，使得代谢症候群及糖尿病获得比较好的控制。其中一个2012年的研究证实，经过六周的补充，第二型糖尿病病患的空腹血糖以及糖化血色素(HbA1C)，都有大幅的降低。
二、改善血脂及心血管疾病
许多研究发现，补充益生菌可以降低血液中的总胆固醇以及坏的低密度胆固醇，而更难能可贵的，竟然还可以提升好的、保护性的高密度胆固醇。在此同时，益生菌还可以减少脂肪组织(譬如腹部)的发炎状况，使得血管中发炎性的胆固醇斑块的形成减少，让动脉硬化的机率降低。
三、预防癌症
益生菌可以藉由抑制一些会产生致癌物的坏菌、粘附在致癌物上促使排出、刺激肝脏的排毒机能，以及降低发炎反应这些手段，来预防癌症，尤其是大、直肠癌的发生。
四、预防流感与感冒
平时补充益生菌，尤其在感冒或流感流行期的前三到六个月就开始补充，一旦感染，症状平均可以减少1到2天(甚至更多天)，而严重性也会大大降低。这对虽然注射了疫苗，但保护率只有约六成的老年人来说，尤其重要。
五、改善肥胖
已经有研究发现，肠道细菌和肥胖有密切的关联。简单的说就是，肠道好菌少、坏菌多会导致肥胖。其中一个研究甚至发现，在预产期之前数个月开始补充益生菌，母体因怀孕、生产所增加体重会大幅降低，减少产后减重的困难度。
肠道菌丛生态非常容易受到破坏，进而影响的人体的健康。以下这四种情形，是造成改变肠道细菌而危害人体健康最常见的原因。
一、使用抗生素
无论使用何种抗生素，无论是注射或口服，都会破坏肠道菌丛生态的平衡。就算是一般的健康成人，就算只是短期三、五天的使用，也不例外。台湾抗生素的滥用，除了导致高居世界首位的抗药性之外，对于上面所提的慢性病，恐怕也有无可抹灭的“推波助澜”之功。
二、西式化饮食
现代饮食中高量的动物性脂肪与蛋白质、糖分及精制淀粉，会改变正常的肠道菌丛生态，让坏菌占上风。腌渍食物中可能含有的霉菌，也让原本就很复杂的情况雪上加霜。另外有研究发现，喝某些配方奶粉的婴幼儿，其肠道菌丛生态，和喝母乳的婴幼儿大不相同，可能会对这些儿童带来长远的不利影响。
三、现代医疗观念
过度的清洁消毒，虽然降低了致病菌上身的机会，但同时也减少了我们从环境中获取重要菌种的机会。
四、老化本身与慢性疾病
在人体老化的过程中，好菌的数量与种类都会减少，不但使得免疫防护能力降低，营养的产生与吸收也不如以往。像糖尿病等各种慢性病，也会造成不利的肠道菌丛生态。
面对高血压、高血脂、代谢症候群以及糖尿病等各种文明病的威胁，我们的武器并不限于化学药物，各种有益健康的益生菌，或许可以扮演更积极、更天然、更有助于人体自然疗愈的角色。
